Com 124.457 km², o Pantanal Mato-Grossense não é, como seu nome sugere, um pântano. É, sim, uma savana estépica caracterizado por uma área baixa, com altitude média inferior a 200 m.
É um bioma que se situa na porção noroeste do Mato Grosso do Sul, estendendo-se para o sul do Mato Grosso e, a Oeste, para o Paraguai e a Bolívia (Chaco Paraguaio e Chaco Boliviano). A área total estimada para a Planície do Pantanal é de 230.000 km², mas ela é de difícil delimitação. Trata-se da maior planície inundável do mundo e uma das maiores bacias de sedimentação do planeta.
Nela, corre o rio Paraguai, com os afluentes São Lourenço, Cuiabá, Taquari, Negro, Miranda e Aquidabã.
Esses rios transbordam, na época das cheias (outubro a março) e suas águas forma um imenso lago de água doce, com dois a três metros de profundidade, que os primeiros povoadores chamaram de Lagoa dos Xaraiés. Na época seca (abril a setembro), as águas voltam aos leitos permanentes dos rios, deixando expostas lagoas de formas variadas, com até mais de 10 km de extensão, conhecidas na região como baías. Essas lagoas são separadas por terrenos um pouco mais elevados, as cordilheiras, onde há vegetação de maior porte, formando capões alongados.
A declividade do rio Paraguai é tão pequena que quando as águas começam a subir na região mais baixa do Pantanal, já começaram a baixar na região mais alta.
Há baías que contêm cloreto de sódio e que recebem o nome de salinas. Algumas secam completamente na época sem chuvas, formando os barreiros, muito procurados pelo gado, que aprecia sua lama salgada. Os animais gostam tanto de lamber esse barro que chegam a caminhar enormes distâncias a sua procura. Ao encontrar um barreiro, lambem avidamente o chão e os barrancos, abrindo grandes cavidades onde enfiam a cabeça.
A grande extensão plana e a presença de lagoas salgadas levaram alguns estudiosos a admitir que o Pantanal houvesse sido outrora um mar interior. Atualmente os geólogos acreditam que ele é uma região em que a crosta terrestre, através de numerosas falhas (fraturas), foi dividida, no Terciário, em vários blocos, que sofreram afundamento. Mas, nem tudo está bem explicado e a origem das baías, por exemplo, ainda é motivo de controvérsia.
